En 1876, enviados por el mismo Don Bosco, los salesianos llegan al Uruguay y fundan el Colegio Pío. En pocos años, con el impulso del P. Luis Lasagna, se van fundando diversas obras salesianas en nuestro país.

En 1889, en el lugar que hoy ocupa el Juan XXIII, se funda el Colegio Sagrado Corazón de Jesús, un Oratorio Festivo y una capilla dedicada a María Auxiliadora que dará lugar, en 1921, a la actual Iglesia Pública. En 1964, en un Uruguay y un mundo que vivían transformaciones muy profundas, en una Iglesia que estaba en plena celebración del Concilio Vaticano II que tanto iba a incidir en ella, la Congregación Salesiana en el Uruguay dio un paso adelante en su servicio a los jóvenes, respondiendo a una necesidad que se sentía desde hacía años: contar con un “preparatorios”, como se decía entonces, es decir, con un nuevo instituto preuniversitario católico.

Con mucho esfuerzo, con sacrificios económicos, como una apuesta difícil pero necesaria, se funda el Instituto Juan XXIII, cerrando progresivamente el colegio de primaria Sagrado Corazón. Varias Congregaciones religiosas que tenían liceos hasta 4º año estaban también interesadas en el proyecto: Hnos. Maristas, Hnos. de la Sagrada Familia, Christian Brothers etc.. Se trataba de continuar la formación católica de los jóvenes preparándolos así para la Universidad, mientras se intentaba además la fundación de la Universidad Católica, lo que recién se pudo cristalizar 20 años más tarde.

El P. Ángel Colinet fue el encargado de realizar los trabajosos trámites de aprobación del Instituto y de dejar a punto los laboratorios, bibliotecas etc., necesarios para que el Consejo de Educación Secundaria lo habilitara. Se le quería poner el nombre de algún laico católico destacado de nuestra historia: se pensó, entre otros, en Juan Zorrilla de San Martín y en Francisco Bauzá, pero la Inspección Técnica de Secundaria objetó que ya había liceos con esos nombres y la Inspectora misma sugirió el nombre de Juan XXIII, el Papa que acababa de morir (1963) dejando en la humanidad, más allá de los límites de la Iglesia Católica, un testimonio de bondad y cercanía que había cautivado al mundo.

A pesar que los primeros años fueron deficitarios desde el punto de vista económico, lo que llevó a que se planteara el cierre del Instituto, al finalizar el primer año, en poco tiempo, de la mano de buenos y recordados directores, el Juan XXIII encontró su lugar entre los preuniversitarios del Uruguay.

Esto fue posible gracias al esfuerzo conjunto de salesianos, profesores, y de todo el personal de la casa, pero también porque se dio, entre los jóvenes preuniversitarios y el estilo salesiano de Don Bosco, una sintonía que fue dando al “Juan” su fisonomía particular. En 1973 el Instituto, hasta entonces sólo de varones, se vio enriquecido por la presencia de las chicas. El alumnado fue creciendo y se pudo ofrecer todas las opciones de “preparatorios”. En la difícil década del 70, el Juan fue un ámbito de libertad, de alegría, de aire fresco que se respiraba en medio de un Uruguay dividido. En 1976, el cambio de plan de bachillerato, transformó los viejos “preparatorios” en el “Bachillerato diversificado” y en 1977 comenzó también el 4º año en el Juan.

En los 80 y 90 la propuesta pastoral se diversifica. La “formación” se transforma en TES; las Convivencias,( las “Convi”), se van sofisticando; surgen nuevos grupos junto a JMS y Confirmación: los grupos “pá” (“pá que estoy?” “pá que vivo?” ... que hoy llamamos “Andamios”); los diversos talleres, Savia etc. . Se realizan las misiones de verano por grupos de JMS; los campamentos y jornadas de integración; crecen los grupos de deporte, a la participación en ADIC se suma la integración en la Liga Universitaria.

Hacia el 2000, la propuesta académica se ve enriquecida por la renovación de los laboratorios, los nuevos salones de prácticos y de la biblioteca. Surgen nuevas iniciativas como la de participar en Desem (empresarios juveniles), y la masiva participación en la Jornada Mundial del Voluntariado.